20일 고위공직자범죄수사처가 참여하는 공조수사본부는 문 사령관을 내란 중요임무종사, 직권남용 권리행사 방해 혐의로 구속했다고 밝혔다. 중앙지역군사법원은 문 사령관에 구속 전 피의자 심문(영장실질심사)을 진행한 결과 "증거인멸 및 도망 우려가 있다"는 이유로 구속영장을 발부했다.
문 사령관은 비상계엄 선포 계획을 사전에 인지한 후 모의한 인물로 꼽힌다. 문 사령관은 윤석열 대통령이 지난 3일 계엄을 선포한 후 경기도 과천 중앙선거관리위원회(선관위)에 병력을라고 하달한 혐의를 받고 있다. 또 정보사령부 산하 북파공작부대(HID)를 국회의원 긴급 체포조에 투입했다는 의혹도 제기됐다.
계엄선포 2분 후인 오후 10시 31분 정보사 병력이 선관위에 도착해 전산 시스템을 촬영한 것으로 알려지면서 문 사령관이 계엄을 사전에 인지했을 것이라는 의혹도 불거졌다.
추가로 계엄 선포 이틀 전인 1일 경기도 한 햄버거 패스트푸드점에서 정보사 소속 대령 2명과 노상원 전 정보사령관과 함께 계엄을 사전에 모의했다는 의혹도 제기됐다. 공수처는 해당 자리에서 노 전 사령관과 문 사령관이 계엄 당일 선관위 서버를 확보하라고 명령한 것으로 보고 있다.